Unterricht findet an der Freien Waldorfschule Mayen in Gründung von Montag bis Freitag statt. Schuljahresbeginn und –ende sowie die Ferienzeiten orientieren sich an denen der Regelschulen in Rheinland-Pfalz. Unterrichtsbeginn ist um 8:30 Uhr. Zuvor findet von 8:00 bis 8:30 Uhr ein offener Anfang in allen Klassen statt, womit flexibel auf die verschiedenen Busverbindungen und Anfahrtszeiten der Schülerinnen und Schüler Rücksicht genommen werden kann. Dieser Zeitraum kann bspw. klassenübergreifend bewegt und/oder spielerisch gestaltet werden oder die Klassenlehrkraft baut für ihre Klasse einen Parcours im bewegten Klassenzimmer auf, stellt Spiele oder vertiefendes Lernmaterial zur Verfügung oder gibt den Schülerinnen und Schülern anderweitig Gelegenheit in der Schule und im Tagesgeschehen anzukommen.

Der Unterricht endet für die Schülerinnen und Schüler der Jahrgangsstufen 1 bis 2 um 13:00 Uhr. Eine Betreuung der Schülerinnen und Schüler erfolgt noch bis 14:00 Uhr. Um 13:30 Uhr endet für die Klassenstufen 3 bis 8 der Unterricht. Eine Schulstunde dauert 40 oder 45 Minuten, wobei die ersten beiden Stunden stets zu einer Doppelstunde ohne Pause zusammengefasst werden, in der der sogenannte Hauptunterricht stattfindet. Dieser wird von der Klassenlehrerin oder dem Klassenlehrer gegeben und innerhalb dessen werden Fachgebiete thematisch zentriert in Epochen unterrichtet. An den Hauptunterricht schließt sich für die Klassenstufen 1 bis 5 ein fünfzehnminütiges Betreutes Frühstück an. Die Klassen 1 und 2 gehen dann für eine Stunde in den Wald.

Ab der 3. Klasse schließt sich stattdessen eine fünfzehnminütige Pause auf dem Schulhof an. Für die Klassenstufen 6 bis 8 wird eine fünfzehnminütige Bewegungseinheit gemäß des Schulkonzeptes zwischengeschoben. Nach den im Anschluss stattfindenden zwei Fachstunden für die Klassen 3 bis 8 erfolgt eine zweite zehnminütige Pause auf dem Schulhof. Für die Schülerinnen und Schüler ab der 3. Klassenstufe folgen nach der 2. Pause noch zwei weitere Fachunterrichtsstunden. Die Schülerinnen und Schüler der ersten beiden Klassen enden gemäß des Schulkonzeptes mit einem halbstündigen Tagesabschluss, der von der Klassenlehrerin oder dem Klassenlehrer gegeben wird. Abweichend der Dauer der sonstigen Unterrichtsstunden wird der Fremdsprachenunterricht in den ersten beiden Schuljahren, aufgrund der altersgemäß kürzeren Aufmerksamkeitsspanne, 30 Minuten lang an vier Tagen in der Woche erteilt.